지난 번에 유전자 분석을 위한 bam 파일에 대해 공부했었다.(자세한건 아래 링크참고) 유전자 분석을 위한 bam 파일 프로젝트에서 유전자 분석을 위한 IGV(Integrative Genomics Viewer) 사용을 해봤다. IGV란 유전체 데이터셋을 시각화 해주는 그래픽 기반 프로그램으로 오픈소스이다. igv 사이트에 들어가면 자바스크립 flowlog.tistory.com 여기서 유전자를 분석하기 위해 IGV(Integrative Genomics Viewer) 툴을 잠시 보았는데, 자바스크립트로 IGV 라이브러리를 활용해보았다. 간단히 부트스트랩 css를 적용하였고, 멀티분석을 위한 track을 추가하는 기능까지 넣어보았다. 테스트를 위한 bam 파일은 url 방식으로 호출한다. 기능구현 먼저 페이지..

지난 포스팅에 유전자 데이터와, samtools 을 설치하였다. 이제 samtools 를 사용해보자. 실습에 사용할 데이터는 아래 사이트에서 제공하고 있다. Index of /goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq hgdownload.cse.ucsc.edu 샘플 파일 다운로드 위 사이트에서 아무거나 다운해보자. $ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeUwRepliSeq/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam BAM -> SAM 변환 다운받은 바이너리형태인 bam 파일을 아스키코드로 된 sam파일로 변환해보자. samtools view {파일명}...

지난 포스팅에 인간의 DNA 분석을 위한 데이터를 정리하였다. 간단히 정리하자면 - FASTQ : DNA를 한 가닥씩 분석하여 4줄씩 저장한 파일 - BAM : FASTQ파일을 인간표준유전체와 비교하여 매핑/정렬한 바이너리 파일 - SAM : BAM파일을 아스키코드로 변환한 파일 이제 이 파일들을 핸들링하기 위해 samtools를 사용할 것이다. 먼저 samtools란 SAM, BAM 및 CRAM 형식의 짧은 DNA 서열 판독 정렬과 상호작용하고 사후 처리하기위한 유틸리티 세트이다. samtools 설치(ubuntu) 아래 사이트에서 다운로드하면 된다. SAMtools/BCFtools/HTSlib - Downloads Current releases SAMtools and BCFtools are distr..

프로젝트에서 유전자 분석을 위한 IGV(Integrative Genomics Viewer) 사용을 해봤다. IGV란 유전체 데이터셋을 시각화 해주는 그래픽 기반 프로그램으로 오픈소스이다. igv 사이트에 들어가면 자바스크립트, 노트북, 보고서에 대한 개발 가이드가 나와있어 google Colab 으로 테스트해보았다. 어떤건지 잘 모를 수 있으니 먼저 igv 분석 결과를 보여주겠다. 위 표를 보고 돌연변이DNS와 같은 비정상적인 염색체를 구분해 낼 수 있다. 이러한 지표를 통해 유전자분석이 이루어진다. 유전자 데이터(FASTQ) DNA 데이터에 기본이 되는 항목이다. 인간세포의 DNA를 추출해 일정 길이로 잘라 NGS 기계에 넣으면, 4가지 색깔의 이미지로 BCL 파일을 만들고, BCL 파일을 다시 FAS..